FN-styrken begynte å trekke seg ut i desember 1999, men det ble fortsatt meldt om grove overgrep begått av de lokale sikkerhetsstyrkene. Styrken ble i juni 2000 erstattet av FNs støttekontor for fredsbygging (BONUCA), etter en vellykket operasjon. FNs generalsekretær Kofi Annan oppfordret det internasjonale samfunnet til å sikre freden med alle midler.
Militærmytteri og krise
En ny grunnlov trådte i kraft i begynnelsen av 1995, men den politiske situasjonen var fortsatt spent etter tidligere uroligheter. Landet hadde alvorlige økonomiske problemer, og opposisjonen, inkludert tidligere president André Kolingba (1981-93), anklaget regjeringen for korrupsjon og vanstyre. Manglende utbetaling av lønningene til offentlig ansatte førte til streiker og uro. I april 1996 gjorde militære i Bangui mytteri for å få utbetalt utestående lønn. Da problemene ikke ble løst, slo de militære til på nytt i mai og igjen i november, med stadig voldsommere kamper mellom lojale og opprørske tropper. Franske militære styrker forsvarte regjeringen. Opposisjonen engasjerte seg i konflikten, som etterhvert fikk en sterk politisk-etnisk dimensjon. I juni 1996 ble det undertegnet en avtale mellom regjeringen og opposisjonen. Men da det kom et tredje mytteri, reiste fire afrikanske presidenter til Bangui for å mekle. De hadde med seg den tidligere presidenten i Mali, general Amadou Toumani Touré, og han ble i Bangui i 17 måneder.
En avtale ble inngått mellom partene tidlig i 1997, og den ble fulgt opp av en internasjonal komité og en interafrikansk militærstyrke, MISAB. Uroen fortsatte, og det kom til flere trefninger mellom opprørere og MISAB utover i 1997. Våren 1998 ble det avholdt en stor nasjonal forsoningskonferanse. Det ble enighet om en nasjonal samlingsregjering og en tidsplan for valg av nasjonalforsamling og president. Frankrike bebudet at landet ville trekke tilbake sine tropper, og i mars 1998 overtok FN den videre oppfølging med fredsstyrken MINURCA. MINURCA ble i landet til etter valgene. President Ange-Félix Patassés parti fikk (såvidt) flertall i nasjonalforsamlingen ved valget i november-desember 1998, og han ble selv gjenvalgt til president i september 1999. Opposisjonen var klart svekket. Men misnøyen kan øke hvis folks levestandard ikke bedres, lønninger ikke blir utbetalt og det blir gjennomført en ubalansert reform av det militære.
Komplisert politisk bilde
Det politiske bildet i Den sentralafrikanske republikk er komplisert, men etnisk-regional og personlig lojalitet er viktig. President Patassé har sin styrke i nord, mens tidligere president André Kolingba har forankring i sør. Fagforeninger, studenter og den romersk-katolske kirke spiller også en politisk rolle.
Frankrike har i mange år betraktet Den sentralafrikanske republikk som en strategisk base. Franskmennene har vært dypt involvert i politikken i landet og ytt betydelig bistand. Fra midten av 1997 endret dette bildet seg, og den franske innblandingen ble mindre. Den sentralafrikanske republikk har en gjensidig støtteavtale med Kongo-Kinshasa. Konflikten i nabolandet skaper problemer på grunn av flyktningestrømmer, etterhvert også fordi opprørerne tok over grenseområder i Kongo nær Bangui.
Økonomiske problemer
Befolkningen er liten, og to tredeler lever av jordbruk og kvegdrift. Bomull, kaffe og tømmer produseres for salg. Diamanter er den viktigste eksportartikkelen. Dårlig utbygd infrastruktur og lang vei til havet hindrer utvikling av andre sektorer. Landet har gjennomgått flere strukturtilpasningsprogrammer. Devalueringen av CFA-francen i 1994 styrket økonomien, men president Patassé var motvillig til å gjennomføre videre økonomiske reformer for å få en ny avtale med IMF. En avtale ble først inngått i juli 1998.
I løpet av perioden 1990-97 gikk inntekten per innbygger i Den sentralafrikanske republikk ned. Ved årtusenskiftet hadde landet betydelig ekstern gjeld, og gjentatt knapphet på drivstoff skapte vansker spesielt i Bangui. Under de væpnede konfliktene i 1996-97 ble en betydelig del av den økonomiske virksomheten i Bangui ødelagt. Våpen ble spredt utover i befolkningen og bidro til økende lovløshet og usikkerhet. Det antas sommeren 2000 at Verdensbanken vil gi et lån på myke vilkår for å styrke statens evne til å håndtere økonomien og redusere fattigdom.
Utbredt fattigdom
Omlag 60 prosent av befolkningen lever under fattigdomsgrensen, flertallet av disse på landsbygda. Det arbeides for å styrke helsetilbudet. To viktige tiltak er gjennomført: Den invalidiserende innvollsparasitten guinea-orm er omtrent utryddet, og innpå 90 prosent av befolkningen bruker nå jodifisert salt for å unngå jodmangel (som tidligere var meget utbredt). Innpå halvparten av befolkningen har tilgang til helsetjenester, men ofte mangler helsepersonale og medisiner er dyre. Bare omlag halvparten av barna blir vaksinert, og en av seks dør før fylte fem år. 20 prosent av befolkningen har tilgang til rent drikkevann. Antallet kvinner som dør i barsel er meget høyt, og aids er på rask frammarsj. Det antas at 14 prosent av den voksne befolkningen er hiv-smittet. Omlag 6o prosent av barna blir innskrevet i grunnskolen, betydelig flere gutter enn jenter. Skolesystemet er svekket på grunn av manglende finansiering og politisk uro. Mange lærere dør også av aids. I en treårs periode forhindret epidemien at 25 000 barn fikk skolegang. Blant voksne kan 40 prosent av kvinnene og 60 prosent av mennene lese og skrive.