Etter innføringen av flerpartisystem i 1990, har São Tomé lykkes i å opprettholde et demokratisk styresett, selv om det var et anslag mot det i 1995. Da grep en gruppe soldater makten i et kupp, men ga seg over etter en uke, etter mekling fra Angola. Demokratiseringsprosessen førte i 1990 til en ny grunnlov som åpnet for flerpartivalg og demokrati. Endringene kom dels som følge av et annet kuppforsøk, to år tidligere.
Ved valget i 1991 led det tidligere statsbærende parti, under det nye navnet Partido Social Democrata (MLSTP), nederlag. Det nye Partido de Convergência Democrática-Grupo de Reflexão (PCD-GR) overtok makten. Samtidig ble den uavhengige kandidaten Miguel Trovoada valgt til president. Ved nyvalget i 1994 fikk MLSTP-PSD flertall, hvilket det på ny gjorde i 1998: Da fikk partiet 31 av de 55 representantene; nest størst ble Accão Democrática Independente (ADI) med 16; PCD-GR fikk de resterende 8. Det finnes ytterligere noen partier i landet.
Trovoada, som stilte med støtte fra ADI, ble i 1996 gjenvalgt med 52,7 prosent av stemmene. Han vant mot den tidligere presidenten Manuel Pinto da Costa fra MLSTP-PSD, som gikk av i 1991. En tredje kandidat deltok i første valgrunde; Alda Bandeira da Conceição fra PCD-GR. To faglige organisasjoner er aktive: Organizacão Nacional de Trabalhadores de São Tomé e Príncipe (ONTSTP) og União Geral dos Trabalhadores de São Tomé e Príncipe (UGSTP).
I 1994 fikk øya Príncipe indre politisk og administrativt selvstyre, med lokalt parlament (med sju plasser) og regjering. Her fikk MLSTP-PSD rent flertall ved valget i 1995.
1996 var São Tomé med på å etablere sammenslutningen av portugisisktalende stater, Comunidade dos Países de Língua Portuguesa (CPLP). 1997 etablerte São Tomé diplomatiske forbindelser med Taiwan, på bekostning av Kina.
Få brudd på menneskerettighetene
Den lave valgdeltakelsen i 1996 (52 prosent) ble i hovedsak tolket som et utslag av folk flest sin oppgitthet over de sosiale og økonomiske resultater etter innføringen av flerpartistyre og demokrati. Prisøkninger førte flere ganger i andre halvdel av 1990-tallet til demonstrasjoner. Sterk økning i prisen på drivstoff i april 1997 førte til voldsomme protester, og sikkerhetsstyrkene ble tilkalt for å håndtere uroen.
São Tomé er ikke blant de dårligst stilte land i Afrika når det gjelder sosiale indikatorer. Forventet levealder er for eksempel 64 år, mot gjennomsnittlig 51 år i Afrika sør for Sahara. På en rekke områder mangler imidlertid pålitelige tall. Det er ikke nevneverdige brudd på menneskerettighetene, og Amnesty International rapporterte ikke på landet i sin 2000-rapport.
Kakao er viktig
São Tomé har siden selvstendigheten slitt med en ensidig næringsstruktur etablert under det portugisiske koloniveldet. Landet har få naturressurser, men deler av landet er velegnet for landbruk. I kolonitiden ble det opprettet et mindre antall kakao-plantasjer, kontrollert av et fåtall portugisiske eiere. Produksjon og eksport av kakao dominerte da som senere landets økonomi i vesentlig grad. Politikken som ble ført det første tiåret etter selvstendigheten, med blant annet omfattende nasjonalisering, bidro til en sterk reduksjon i produksjonen. Rundt 90 prosent av samlet eksportverdi består av kakao, og cirka 60 prosent av det dyrkede arealet brukes til kakaoproduksjonen. Avlingen var i 1998 på cirka 3.300 tonn; rekorden ble satt i 1973, med 11.500 tonn. Et privatiseringsprogram er gjennomført for å øke produktiviteten på kakaoplantasjene; en del av arealet er fordelt til småbrukere som ledd i en jordreform.
Landbruket, inkludert fiskeri og skogbruk, sysselsetter i underkant av 40 prosent av befolkningen, og står for knapt en firedel av BNI. Servicesektoren er den største, industrien er lite utbygd. Fiskeriene innbringer de største eksportinntektene etter kakao, men disse stammer mest fra lisenser fra utenlandske trålere; São Tomés egen fangst går hovedsakelig til innenlands konsum. Fiskeriene står for cirka en tidel av sysselsettingen, og det anslås at særlig tunfiskfisket kan utvides vesentlig. Landets skoger blir også lite utnyttet kommersielt; nær 30 prosent av landet er dekket med urskog. Det er ikke kjente, utnyttelsesverdige mineralforekomster på São Tomé, men det letes etter olje og gass i Guinea-bukta. Her er det funnet til dels store forekomster, blant annet innen territorialfarvannet til Ekvatorial-Guinea.
Med virkning fra 1985 har São Tomé ført en økonomisk politikk etter rådene om liberalisering fra Verdensbanken og IMF. I 1997 vedtok parlamentet opprettelsen av den første frihandelssonen i Guinea-bukta, hvor det skal bygges en ny dypvannshavn og et senter for avgiftsfri handel og offshore finansielle tjenester på Príncipe.
Turismen er også under utvikling, og forventes å spille en mer framtredende økonomisk rolle i årene som kommer.